大战后，秩序未能恢复，世界陷入混乱。混沌从深渊崛起，黑暗如潮水般吞噬大地……缔默完成了命运的蜕变——她不再是被守护的少女，而是手持万灵缔杖的“万灵神女”，以温柔而坚定的力量守护人间与仙境。水帝亦执掌水汐神剑与她并肩而立。二人为寻得封印混沌之法，远赴永恒之城罗马，混沌却已将失去仙力的冰帝和颜狐拖入深渊……千钧一发之际，神秘的塔罗使者出现……另一边，船王因放弃新生而滞留渡灵界，反噬渐重。渡公主为救船王，引诱灵帝坠入渡魂界，偶遇在寒冰牢笼中的仙子，意外在生死冒险中逐步探明混沌的致命弱点……众人能否合力封印混沌，黑暗能否被彻底驱散？爱与信念，能否书写新的神话？
天地分为上古大荒与现世人间两界，由太极壁垒相隔，域外虚无异境滋生侵蚀神魂、扰乱秩序的暗紫色暗力；天地遴选十二山海神兽为十二秩序祀神，各携本命宿命玉佩身负镇守两界、稳固壁垒、封印异境裂隙的天命，却因两界崩塌意外坠落现世人间，记忆散落、身份隐于市井；反派夜幕组织膜拜异境暗力，妄图搜罗上古符文与十二玉佩，撕裂两界壁垒、借暗力掌控天地，还暗中渗透圣庙与人间势力布设内鬼危机；十二神兽在现世陆续觉醒，一边集结同伴、寻找远古符文下落，一边对抗夜幕阴谋、净化人间暗力、压制异境裂隙，他们心怀守护苍生之志，平定暗乱、封印裂隙、重塑天地规则，最终舍弃重返破败大荒的执念，集齐十二宿命玉佩永久加固封印两界壁垒，留守现世人间，世代镇守天地平衡，成为守护人间安稳的十二秩序者。
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
在这个世界，万物意识皆由微观粒⼦构成，而岚海少年林野天生自带 “招魂” 体质，是“游魂圈”公认的 “人体快捷酒店”，整日被附身闯祸、狼狈奔逃。偶遇能收服“游魂”的异能少女陈果后，他踏入超自然组织华净学院，卷入与东瀛邪派 “九菊一派” 的百年纷争。 这期间，他连番遭受离间陷害、信任崩塌，直至界门将启，全城危亡之际，林野以凡人执念硬撼完美克隆体，拼死守住岚海。然而就在大战落幕英雄陨落之际，九菊一派的新阴谋已在昆仑深处悄然铺开……
