女高中生铃木的个性开朗、交友甚广、擅长察言观色，是班上的中心人物之一，她喜欢的对象是坐在自己隔壁的男同学谷，而谷的个性与铃木恰恰相反，他内敛沉稳、有主见、待人一视同仁。铃木一直无法鼓起勇气告白，直到某日一个偶然机会，两人放学回家时走在同一条路上，并因此牵起了手。之后两人相互倾诉对彼此的好感，并开始交往，而同学们虽然感到讶异，但也都很支持两人的恋情。
不擅长与人接触，在自己与他人之间筑起心墙的高中生——冰川小雪。除了青梅竹马的安昙美姬外，她不与任何人来往，过着平静的日子。然而，一个不知为何拼命拉近距离的男生——雨宫凑，出现在了她的面前——？ 在逐渐...
高中一年级学生·夜科扬羽，某天捡到了被遗弃在公共电话亭里的“红色电话卡”。 几天后，持有相同电话卡的青梅竹马兼同学·雨宫樱子失去了踪影。 为了寻找她，扬羽联系了传闻中在全国范围内制造连续“神隐”失踪事件的黑幕——“秘密结社PSYREN”。 随后，一场赌上性命的游戏开始了——
高一生水之江梅有着极其高超的文学造诣，文科成绩无人能及，但与之相反的是数理化等理科却差强人意，有留级甚至影响保送的风险，为此班主任平冢推荐他加入学生会，以提高其在学生之间的评价。但水之江成为学生会书记后，才发现内里都是些怪人，包括遗留内裤在学生会室的会长古都吹寿子、会敲诈男生的“雌小鬼”伪娘宣传委员尾鸟绽、看似温柔却无比腹黑的会计照井有栖、以及因受伤而住院一个月才复学的不幸少女陆奥小麻吕。水之江在这些充满个性的同学围绕之下，为了顺利毕业，正式展开学生会生涯。
