物理学家海因茨·施奈德遇害事件的重大嫌疑犯爱丽丝被黑道悬赏了巨额赏金。 女性赏金猎人娜蒂在墨西哥遇到爱丽丝，但她不是来逮捕爱丽丝的，而是奉主雇的要求来保护爱丽丝的。 爱丽丝要去南方的故乡，娜蒂决定陪伴爱丽丝一同前进，但是大路前方，是赏金猎人里卡多、神秘少年L.A的埋伏，而娜蒂的主雇茱迪小姐，也似乎有所隐瞒。学者道格拉斯·罗森伯格则按兵不动，似乎一切都在他的计划之中。 魔女的传说，路途的危机四伏，娜蒂与爱丽丝能到达她们的目的地吗？
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。 在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
