主要讲述了喜欢魔术的高中生黑羽快斗，在自己房间内一道隐藏的门后的密室里发现了世界闻名的大盗怪盗基德的服装。之后，身着怪盗基德服装的快斗遇见了父亲——世界知名的魔术家黑羽盗一以前的助手寺井黄之助，从他的口中得知自己的父亲正是怪盗基德，而且他并非死于意外，而是被人暗杀。为了找出杀害父亲的人，快斗决定以第二代怪盗基德的身份开始着手调查父亲真正死因。在以怪盗基德的身份活动的某日，快斗与称呼自己为“黑羽盗一”的神秘组织相遇，而该组织正是他的杀父仇人，故事也由此正式拉开帷幕。
30年前，未知的“侵略性外来生物”突然出现，世界曾一度濒临毁灭。人类与这些被称为“侵略种”的生物相互争夺生存空间。虽然目前人类的安全勉强得到了保障，但世界随时可能走向终结。人们在恐惧死亡与毁灭的同时。
北原伊织来到伊豆开启大学生活已有数月 —— 他寄居在潜水店「碧蓝之海」，和可爱的表妹古手川千纱同住一个屋檐下。表姐古手川奈奈华、成熟风情十足的滨冈梓，还有同班同学吉原爱菜也常聚在此处，本该度过一帆风顺、青春美好的校园日常！ …… 这只是表面光景，大学生活大半时间都在和一群裸男疯闹狂欢！ 原因是伊织加入的潜水社团「Peek a Boo」，潜水只是副业，这群壮汉日常一丝不挂、把酒言欢胡闹作乐。长相帅气却是重度宅的今村耕平，和伊织两个人早就彻底融入社团氛围。 就在这时，奈奈华拜托伊织前去帮忙：潜水店 “海豚” 要在帕劳开设分店，人手严重不足。但伊织想起耕平之前说过，没法实时追番所以不想出国…… 这个夏天，首次奔赴海外帕劳，全新的碧蓝爆笑生活正式开幕！
作为忍者后裔被祖父抚养长大、拥有与动物对话能力的高中生·我妻二郎，某日在森林中遇见了受伤倒地的黑猫·罗睺。看似普通的黑猫罗睺，其真实身份竟是曾被称为“黑色凶星”的传说级怪物？！企图利用罗睺强大力量的怪物暗影悄然逼近……与此同时，负责监视与清除怪物的国家秘密组织“公仪隐密局”也介入其中。在各方势力围绕罗睺之力展开激烈角逐的漩涡中，二郎与罗睺所展现的“觉悟”究竟是——由怪物与少年相遇开启的“忍”之战，此刻正式拉开帷。
女高中生安海相非常喜欢看漫画，尤其是 ☆野0 的《机器太与狸太》。国文老师手岛斥责她是浪费生命、声称漫画都是虚构，在没收漫画后，手岛指出漫画产业遭逢的困境，但安海表示自己确实按照漫画中描述的方式交到朋友。之后安海得知 ☆野0 将推出续作，便独自到 Comike 购买新作，发现 ☆野0 即是手岛老师，便恳请他教自己画漫画。
过着极其平凡日子的女高中生·立木典子，某天早晨仿佛被不可思议的梦境引导一般，迷失到了一个陌生的异世界。 在这个语言不通、常识也不管用的世界里，救下无处可去、只能四处彷徨的典子的，是独自一人旅行的流浪战士·伊札克。 与此同时，世界各地都在流传着“能够唤醒带来毁灭的‘天上鬼’的人出现了”、“必须比任何国家都先得到手”的传言。 所谓的觉醒，以及天上鬼到底是什么—— 仿佛知晓答案一般，伊札克看着典子喃喃自语道。 “我必须杀了这个女孩。” 尽管语言和文化都存在隔阂，两人之间依然一点点萌生了细微的羁绊。 这样的两人，最终将被卷入宏大的命运旋涡之中——。
舞台设定在崇拜水龙守护神的海底王国「海炎国」，这里因神秘污染和“强行唤醒沉睡水龙”的阴谋陷入危机。利姆露一行人原本是来海岛度假，却被卷入这场深海危机，从悠闲摸鱼被迫营业，潜入苍海深处揭开阴谋、阻止海底文明覆灭。
