据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
1555年，时为战国时代。 有位青年怀抱着远大的梦想，被人称作大傻瓜的他正是后来的织田信长。 有一位仰慕着青年的少女，被信长的梦想所吸引的她笑着说道“我要成为信长大人的忍者！” 目标只有一个，那就是天下布武！
时值大正—— 出生在富裕之家、衣食无忧的志磨珠彦，忽然遭遇了重大事故，失去了右手的自由、父亲的期待还有母亲。以修养的理由被赶到了乡下，不知不觉变成了厌恶世间一切的厌世家。一位名叫夕月的少女来到他的身边。原来她是父亲为了照顾珠彦而派来的妻子。一开始珠彦对于夕月感到厌烦，但是在夕月的笑容和温柔中逐渐展开心扉——最后，两人能成为真正的夫妻吗。大正怀旧爱情故事，开演！
东京——『晓特区』。这个国家新成立的经济特区预定地，将行政权让渡给了大企业『先岛Holdings』。围绕着仅适用于特区内的减税等权利，敌对企业策划种种阴谋，并最终爆发了大型暴动·晓抗争。内政荒废，先岛Holdings也解体。晓特区成为了国家自治也无从实现的无人管理地域。有一群男人守护着化作无法地带的这座城市。拥有封印着凶暴神兽之力的刺青「神圣刺青」的人类，通称为『SCARD』。他们各自拥有固有的特殊能力，以及能够将一切攻击无力化——如子弹在命中身体之前就被弹开，刀剑则会被粉碎——的防御力。利用刺青能力守护城市的「赫利俄斯」、守护组织的「阿耳忒弥斯」、守护秩序的「公安特务」成为新兴势力，镇守于晓特区。虽然微弱，但抗争仍在每天持续发生，即使如此他们仍然贯彻自身的「正义」。他们在如此动荡当中生存——这是描绘他们理所当然日常的物语。
花园百合铃（大森日雅 配音）是一个标准的中二少女，虽然已经升入了大学，还整日里一副哥特萝莉的打扮，虽然右眼带着眼罩，但实际上视力毫无问题。表面看来，百合铃有些古怪和难以接近，可实际上，她对待朋友非常的热情友善。一次偶然中，百合铃竟然从魔界里召唤出了恶魔邪神酱（铃木爱奈 配音），她可是那里里地位最崇高的恶魔。 邪神酱一心想要回到魔界，而回去的唯一方法就是杀死她的召唤者百合铃，可是实际上，邪神酱是一个笨手笨脚的废柴，每当她设计想要袭击百合铃时，总是会被后者在有意无意之中一招化解。除了邪神酱外，美杜莎（久保田未梦 配音）、佩柯拉（小坂井祐莉绘 配音）等恶魔也降临人间。
