影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。
骇人的枪声、离别的眼泪、掩藏的爱意……中共早期党员张人亚成为头号被抓捕对象，他从平民日报社紧急撤离，隐蔽在城郊的小船上。他还有一件秘密任务需要完成。面对昔日战友反目成仇穷追不舍，他如何脱身？他的父亲张爵谦，他触不可及的恋人夏一岚，如何成为他的一束光？他能否顺利保藏党的“力量密码”……背叛虐恋父子情深，谍战枪战一触即发。
警官黄伟（梁家辉 饰）被借调调查一件涉及警员犯罪的案子，为搜集证据，黄伟犯险入狱。火烧岛典狱长（柯俊雄 饰）治下的监狱充斥着暴力、不公，以及制度化的犯人殴斗。黄伟很快在狱中结识了室友小朱（庹宗华 饰）和因思念儿子多次越狱的刘世杰（洪金宝 饰），并经历了帮派人物大林（高捷 饰）的入狱洗礼。台球选手大锤（成龙 饰）因误杀帮派大哥钢珠（刘德华 饰）之弟入狱，大林受命向大锤复仇，此事被狱中大哥桂老大（王羽 饰）调解。黄伟、大锤等四人被典狱长吸收进入“清风队”，在执行暗杀任务的过程中，黄伟意外的发现了自己追查多时的幕后真凶。
