3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。 最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。 光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。 时光流转，在地球和平同盟TPU紧急组建精英小组“GUTS-SELECT”时，主人公真中剑悟正在刚刚开拓的火星上作为植物学家安稳地生活着。 但是有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了安稳宁静的生活。 当火星的街道被怪物破坏时，剑悟被命运引导，和沉睡的光之巨人相遇了。 这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？ 跨越时空苏醒的光之巨人，其名为——特利迦奥特曼。
故事发生在名为赫尔沙雷姆兹·罗特的虚构城市中，时空扭曲让异世界和人类世界发生了联结，生活在异世界中的古老种族“血界眷属”因此降临，给人类的安全造成了极大的威胁。为了维护世界的和平，一个名为“秘密结社莱布拉”的秘密组织在暗地里活跃地行动着。 雷欧（阪口大助 配音）本是一个平凡的少年，机缘巧合之下，他误打误撞加入了莱布拉，成为了惩奸除恶的一份子，继而结识了外表粗犷内心温柔的克劳斯（小山力也 配音）、个性开朗油嘴滑舌的扎普（中井和哉 配音）和外表普通实则是狼人的钱皇（小林优 配音）等人。这些志同道合的好友让雷欧的生活拉开了别样的序幕。
浑沌支配了大陆──人民畏惧著各种灾害。君王们手持著平息浑沌的〈圣印〉守护百姓。然而随著岁月流逝，君王们逐渐忘却了“守护苍生”的理念，为了争夺彼此的圣印和领地，掀起了一波又一波的战争……魔法师希露卡唾弃毫无风骨的各地君王，而浪迹天涯的骑士提欧则是为了解放受苛政所苦的家乡修练武艺。
一个神秘的名叫珠露露（ジュルル）的婴儿突然出现在少女们身边，最先发现她的真中啦啦因为各种原因自然而然地成为了她的母亲，暂时照顾她，升级为“妈妈”。此外，新系列中还将出现一个神秘三人偶像组合。分别是珠音，花音，日音。
在偏僻的小村庄——雏见泽村过着愉快生活的少年前原圭一，得知了在这和平村庄中发生的分尸杀人案件。而此事件，又与被称为「御社神的作祟」的一连串离奇死亡案件有所关联。
