令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
X战警被分散到了各个时间线，从过去，到未来，而他们将在最脆弱的时间点遭遇袭击——如今，1990年代。天启发威，大战来临。
在黑心企业工作的佐藤亮太转移到了异世界！但不走运的是，不管他怎么努力，等级都只有1级。 虽然等级无法提高，但亮太却拥有掉落率全都是S等级的超级固有技能，可以掉落通常情况下无法获得的能力增强物品。 不断通过技能来提升能力的亮太，虽然等级只有1级但能力值是MAX！
不死者之魔王雷欧尼斯为了日后将会迎来的决战而将自身的灵魂封印了。 然而他在1000年后再度醒来时，不知为何却变成了10岁少年的模样！？ 被隶属于〈圣剑学院〉的美少女利瑟莉娅所保护的雷欧尼斯，在对这个变得截然不同的世界一头雾水的情况下，在〈圣剑学院〉入学了。 未知的敌人〈Void〉、〈第07战术都市〉、外观观是武器形态却拥有异能之力的〈圣剑〉。 在魔法被遗忘的这个未来世界，最强魔王与美少女们交织而成的圣剑与魔剑的学园幻想物语盛大开幕！
