千年前，神将飞蓬与魔尊重楼于新仙界中大战，神剑“照胆”跌落人间，飞蓬被贬下凡。千年后，蜀山锁妖塔震荡，获得魔剑的飞蓬转世——景天，与唐雪见、徐长卿及紫萱几人开始了一场为收集五灵珠封印锁妖塔的冒险。
飞贼风铃儿与商贾之女白钰袖一同结伴闯荡江湖，殊不知在她们的背后正孕育着一场巨大的阴谋。
某一天，地球上出现了不明来由的RR病毒，将世界卷入灾难之中。受到感染的动物变异成为可怕的怪兽，大举入侵，人类面临毁灭之际筑起了围墙，成立基地市作为人类最后的堡垒。人类在这一段时间经历的磨难，被称为“大涅槃时期”。在极端的生存环境下，人类的体能也在逐渐地进步发展，尚武之风兴起，人类的身体素质相比以前有了质的飞越。而这其中的佼佼者，被称为“武者”。 18岁的罗峰也梦想着成为其中的一员。此时的他即将高考，正面临着人生十字路口的抉择，却不料怪兽的一次袭击影响了他的人生轨迹。在强大怪兽的威胁之下，市内居民面临危险，军方却束手无策。唯有一名武者挺身而出，保卫了基地市的安全。罗峰被武者的强大所感染，暗自立下成为武者以保护所爱之人的决心。这是一切的开始，罗峰武者之路的起点，也拉开了他传奇人生的序幕。 罗峰立志成为武者，前路却并不平坦，他首先要面对的便是外部环境无形中...
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
胡八一等人受陈教授委托，前往南海珊瑚庙岛，雇阮黑师徒乘三叉戟号赴珊瑚螺旋寻秦王照骨镜。历险后坠入归墟，于沉船内得古镜并知阮黑乃多玲仇人。脱险后休整时，突现神秘人持棍逼近守夜的明叔。
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
本部的故事不仅描绘了长城守卫军以及都护府的日常生活，还从不同阵营角色的视角来展现云中漠地的生活场景。不管是驻守边疆的长城守卫军，还是劫富济贫的马帮阵营，无论是家乡已荒芜一片的百年古人还是流浪在外的落魄王子，每个人都有自己要守护的那方天地，为了守护和平的生活，为了守护彼此的梦想，为了守护消逝的文化，为了守护家乡的人民……一个人的力量虽然有限，但守护彼此的信念却令他们无坚不摧。正是这份信念，让原本是陌生人的他们彼此欣赏，惺惺相惜，并收获了超越物质的“宝贵财富”。
