新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
透が紫呉の家に住み始めてから一年が経とうとしていた。 由希と夾だけでなく草摩家の皆とも交流を深めてきたが、 今も気になるのは忌まわしき『呪い』の正体。 進むべき道、決められた宿命、 終わりなき――十二支の――宴を前にして 由希は、夾は、そして透は何を想い、何を決意するのだろうか……。
