《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
行到水穷处，坐看云起时。雷家堡一战后，雷家家主战死，剑仙陨落，萧瑟强行使用内力导致自身生命垂危。为挽救萧瑟，众人踏向神秘的海外仙山，只为寻找那传说之中的仙人。而与此同时的朝堂与江湖之争，仍在继续。
为寻玉剑的下落，引发仙魔龙族三方大战。秦羽在澜叔的帮助下，拥有第八把玉剑，成为海底第四大势力的领袖。秦羽决心面对新的挑战——集齐玉剑，开启仙府。最终仙府缓缓打开，踏入这宝地之时，真正的生死考验才刚刚开始。
蓝星大陆遭受磁场风暴，导致环境剧变，灵气复苏。在天地灵气的滋养下，人类和动物的各项身体机能被无限激发，历经漫长的岁月洗礼，形成了灵兽和人类常年对峙，争夺生存空间的紧张局面。为了保护家园，人类不断发展科技与新型修炼体系，成立作战联盟，大力培养战斗型人才。少年凌天是初级学府琼海战校年轻一辈中的佼佼者，他拥有罕见的古神血脉，身怀神秘至宝“神脑”。一天，凌天从来自未来的助手炎灵口中，得知了三年后，大陆将面临一场重大劫难，自己也会在这场劫难中壮烈牺牲。自此之后，凌天为了人类的未来，听从炎灵的建议，决心在三年内修炼至巅峰境界，改变一切。
