千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……
　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。
　　虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。
　　不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。
　　然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典娜的哥哥。他此番带领神斗士前来，企图将人类消灭。对于雅典娜及其麾下的圣斗士来说，这是前所未有的大危机…

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电拍拍迫不及待地冲出来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事（背景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但小超还来不及动作，忽然一束死光射到他们附近的地面，把大家吓得魂飞魄散！大家惊魂甫定时，小超告知有个地方可以躲难，一行人便跟了过去。

草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

继母因无力负担生活，将苏菲和她的两个妹妹都送到了制帽店去当学徒。两个妹妹很快先后就离开了制帽店去追寻各自的梦想，只有苏菲坚持了下来。一天，小镇旁边来了一座移动堡垒，传说堡垒的主人哈尔专吸取年青姑娘的灵魂，所以小镇的姑娘都不敢靠近。
　　一个恶毒的巫婆为了报复苏菲与哈尔见面，用巫术把她变成了一个80岁的老太婆，而且苏菲还不能对别人说出自己身中的巫术。无奈，苏菲决定独自一人逃离小镇。天黑了，虚弱的苏菲没走多远，来到了移动城堡。心想自己已经是老太婆了，苏菲壮着胆子走进了城堡。不想，遇到了和她遭遇相同的火焰魔。两人约定彼此帮助对方打破各自的咒语…

昭和30年，位于山口县的防府市，是一个依山傍水、空气清新的美丽所在。就读小学三年级的青木新子（福田麻由子 配音）自幼生长在这里，她最喜欢听爷爷讲述的关于这个小町千年前古国国筑的故事。某天，一个来自大都市的转学生走入新子所在的班级。这个名叫岛津贵伊子（水沢奈子 配音）有着白皙的皮肤，受过良好的教育，与土生土长的孩子们截然不同。新子与略显拘谨的贵伊子结为好友，更带领贵伊子融入了这片充满了幻想和魔法的田园生活……
　　本片根据高樹のぶ子的自传体小说《マイマイ新子（空想新子）》改编，并荣获2010年第14届日本文化厅传媒艺术节最佳动画片奖。

某一天，宇宙人西里里来到小新家中，并使用特使光线把变爸爸野原广志
　　和妈妈野原美伢回了小孩子模样，如果想恢复现状，必须帮助西里里找回自己的父亲，就这样大家踏上了寻找之旅……

某日，野原新之助（矢岛晶子 配音）正在公园里和风间（真柴摩利 配音）、妮妮（林玉绪 配音）等朋友们玩耍，意外遇见了一位名为金有久美子（钉宫理惠 配音）的神秘女子，久美子告诉小新，自己来自于遥远的未来世界，而彼时已经长大成人的新之助，正是自己的未婚夫。
　　跟随着久美子，小新一行人来到了未来，在那里，金友电机的社长，亦是久美子的父亲金有增藏手握大权，并且绑架了一直和自己作对的新之助。得知小新的到来会阻碍自己的计划，增藏派出了刺客，在强大的敌人面前，小新能否顺利救出新之助，并且帮助面前这个陷入了黑暗之中的世界重新找回光明呢？

晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
　　为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…