最笨拙的探险家泰德.琼斯必须从一名寻找美达斯王的百万富翁手中夺回心爱的莎拉。

随着城市发展，麦兜住的旧区大脚咀也卷入了拆迁漩涡。不过无忧无虑的麦兜从来不会去考虑拆迁对他意味着什么，春田花花幼稚园又开学了。为了适应激烈的社会竞争，春天花花幼稚园也加入很多令人捧腹的新课程：耍赖、诈死等等。麦太在樟木头买了块墓地，为了日后能有个安身之所。时光飞逝，一切又回到了从前，回到了麦兜的父亲菠萝油王子的时代。王子跟随着师傅出行，不料遇到了一连串怪事，王子不再是王子，有人变成了他的样子回去当了王子。浑浑噩噩的菠萝油认识了阿莲——以后的麦太，过着平平凡凡、庸庸碌碌的生活，只是在夜里，菠萝油偶然会想起他的王国、眼里会呛着泪花。阿莲怀孕了，菠萝油重遇了以前送薄饼的龟仔、一起出行的师傅，他们决定回去复国了。于是菠萝油告别了阿莲，告诉他如果明天听不到一个王子复国的新闻，那就永远忘了他…

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！ 

这部电影在荒野的西部发现了猫和老鼠二人组，他们在那里帮助从一个恶棍手中拯救了一个牧场。竞争对手联手帮助一个女牛仔和她的兄弟从贪婪的土地掠夺者手中拯救他们的家园。杰瑞的三个早熟的侄子也加入了行动，汤姆围捕了一队土拨鼠。

麦兜电影版的第五部作品，春田花花幼稚园出现了史无前例的经济困难。即使校长（黄秋生 配音）和陈老师（许飞 配音）以及麦太（吴君如 配音）等家长使出浑身解数也没法解决。于是学校召开了一次校友筹款晚会，但是长大成人的校友们都没什么出息，欣慰的是校长无意之中发现了麦兜等小朋友的音乐天赋。经过挫折，校长终于找到了胶牌经理人（郑中基 配音）为小朋友合唱团打理事宜，演出大获成功通告不断。可惜最后关头经理人失踪，合唱团并没有为学校带来大收益。可校长在最后一场演出中发现了惊喜，春田花花幼稚园也还有成功的校友存在，众校友再一次感到了人生的真谛。

又是一年情人节，遭到流放的自大狂朱利安正和忠实的莫里斯失意行走在马达加斯加的荒野上。突然，他被一瓶从天而降的香水砸中脑袋。朱利安灵机一动，决心利用这瓶“九号爱药（Love Poison 9）”大做文章，重新成为万众瞩目的明星。狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及其他动物前去凑热闹观赏这出闹剧。与此同时，搞怪不断的企鹅帮也开展了属于它们的情人节大作战，它们要亲手研制自己的爱情灵药。情窦初开的马蒂试图借此接近美丽的姑娘…… 　　马达加斯加的疯狂情人节拉开序幕……

阳光明媚的一天，家中再次发生大混战，汤姆和杰瑞这对冤家你追我赶，飙完汽车开飞机，从屋内达到园子，甚至连睡觉的斯派克也加入战争。在这三个麻烦制造者的联合努力下，房子被夷为平地，满目疮痍。女主人气得将汤姆和杰瑞赶了出去，就在此时，他们看到一则消息。好莱坞制作人策划了一场飙车大赛，胜利者将获得一栋超豪华的别墅。两个家伙大喜过望，遂从废品场找来零件，东拼西凑做成了自己的赛车。 　　大赛如约举行，参赛者来自四面八方，各怀绝技，从美国到墨西哥，从北美洲到亚马逊丛林，从天空到海洋，超级紧张刺激的十项全能比赛吸引了所有人的眼球……

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。
　　柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题