作为星球大战前传系列的首部曲，这部电影诞生了一个重要的人物：阿纳金（杰克·洛伊德 Jake Lloyd  . 饰）。银河国会会议上出现了利益争执，纳布星的女王阿米达拉（娜塔丽·波特曼 Natalie Portman   饰）被贸易联盟绑架并威胁签署新的贸易协议。绝地武士奎刚（连姆·尼森 Liam Neeson 饰）及徒弟欧比-旺?肯诺比（伊万·麦克格雷格 Ewan McGregor  饰）受命前去解决纠纷，维护和平。他们的飞船在塔图因星意外降落的时候遇到了阿纳金并且带走了他。　　在奇异天才少年阿纳金等人的帮助下，奎刚及欧比-旺与贸易联盟的机器人部队和西斯武士展开了决斗.....

皮卡特舰长获知百科（Data）中尉在巴库（Baku）星球被掳为人质后立刻率企业号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；百科被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。皮卡特舰长遇到一名叫做安妮的巴库女子，经由她得知巴库人虽然看起来年轻，星球的原居民巴库其实年龄都已经超过三百岁了。面临老化的索纳（Sons）人，发现巴库人长生不老的秘诀再于巴库星球外围的特殊放射线能不断的重组基因结构。如今巴库人要遭受灭种的威胁……来自外层空间的索纳人联结星际联盟，根据原有的巴库人村落拟造了一个一模一样的环境，预谋将巴库人迁徙到这个虚拟村落，企图独享青春泉源。瑟纳人首领鲁阿弗假藉文化访查之名率众进入巴库星球，企图赶走巴库人，占领巴库星球。皮卡特舰长将所获知的情报呈报杜尔迪司令，却发现司令与星际联邦总部早已知情，并暗中参与这项阴谋。杜尔迪不理会皮卡特的抗议，下令企业号立即撤返，不得干预。毕卡舰长面临了关键性的一刻，若他服从命令就违背了当初加入星际舰队时曾立下的誓言，反之，若采取行动，他则必须放弃事业、组员、企业号、一切！来投入这场天堂之战。

2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。

　　斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。

　　可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮.

一艘星际飞船意外被困“星门深渊”，15名乘客只有4人能进入冬眠舱，获得活下去的机会。面对宝贵的生存名额，有人放出被禁锢的异星怪兽，企图通过操纵怪兽屠杀他人；也有人拼死抵抗怪兽，不惜牺牲自己性命也要拯救更多人。在这个黑暗深渊中，一场正义的战役正在开启。