故事设定在“猿流感”病毒蔓延全球的背景下，人类几近毁灭，而进化为高级智慧生物的猿类一跃成为食物链顶端的王者。时移世异，暴虐的猿类首领赛撒（凯文·杜兰 Kevin Durand 饰）在一片废墟中建立起猿族历史上的第一个帝国——“猩球”崛起，这是世界新秩序诞生的黎明时分。神秘的人类女孩诺娃（弗蕾娅·艾伦 Freya Allan 饰）的出现，引起了赛撒的警觉。她似乎掌握着一个巨大的秘密，不仅关乎人类的存亡，甚至可能再度颠覆整个“猩球”。被迫逃亡的诺娃在躲避赛撒军队的过程中，与青年猿类诺亚（欧文·泰格 Owen Teague 饰）的命运交汇，揭开了一段冒险的旅程。

一位母亲在由巨大企业控制的世界中，拼命保护女儿的故事。当她在工作中无意间发现不该知道的秘密后，她被囚禁在一座太空监狱站。为了重新回到女儿身边，她与时间赛跑，但在此过程中，监狱中的囚犯们神秘失踪。这里由冷酷无情的机器人看守，人命显得微不足道。

约翰·钱伯斯和他的家人抵达宾夕法尼亚州一个乡村小镇的新家后不久，约翰开始出现睡眠麻痹。 躺在那里瘫痪，被困在自己的噩梦中，异世界的生物拜访了约翰。 它们是存在于夜晚最黑暗阴影中的实体，只能从眼角看到。

爱丽丝，是一个单身母亲，也是一家新品种植物开发公司的高级植物培育员，工作非常勤奋。她设计了一种非常特别的暗红色花朵，不仅外观让人注目，其健康价值更是出众：如果气温合适，营养足够，人们能时常跟它说话，这...

马特（凯文·詹森斯 Kevin Janssens 饰）和凯特（欧嘉·柯瑞兰寇 Olga Kurylenko 饰）是一对非常恩爱的夫妻，两人美满的婚姻里唯一的遗憾就是没能够拥有他们爱情的结晶，凯特曾经两度怀孕，都不幸流产了。为了缓解意外带来的阴翳，夫妻两人前往一座位于纽约郊区的古宅中度假，让两人没有想到的是，他们在房子里找到了一间被隐藏的密室。 这是一个拥有神奇魔法的房间，只要你身在房间之中，无论许什么物质方面的愿望 ，都能够实现。利用这个房间，夫妻两人瞬间拥有了很多他们想买但舍不得买的东西，然而，起初了兴奋感平静之后，凯特内心的贪欲开始蠢蠢欲动，她真正想要的“东西”只有一个。

　一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：他们被指控盗窃了联邦星舰进取号，并对她的毁坏负有责任。在此关头，尚在恢复中的斯波克发现这艘外星探测器正尝试与地球上的座头鲸建立联系；但不幸的是，早在3个世纪前座头鲸就因过度的捕猎而灭绝了。

2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。

　　斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。

　　可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮.

本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景，将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。企业号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡特接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡特不顾命令，仍然参与战斗，之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。