在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
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阿衰是一个弱势“坏学生”，他幽默滑稽、调皮捣蛋、擅长幻想、不讲卫生、最爱吃臭豆腐、上网，总是又倒霉又糗！上课睡觉，抄别人作业，喜欢放屁……阿衰这些坏习惯弄出了不少笑话。为了帮助阿衰改变，老师让阿衰当上了扫地组长。阿衰从此积极上进，半夜就到学校把校园扫的干干净净。最终，期末班干部表彰大会上，阿衰被评上了优秀班干部。爱哭的阿衰还有小冲、庄库、长条这几位“好朋友”，伴随着阿衰度过丰硕的校园生活。
这一次也带来了新的主题与新的恐怖演出，充满了令人脊背发凉的故事。负责演唱片尾主题曲的二人歌谣组合“风轮”也会以声优的身份参加，成为本季的一大亮点。又出现在孩子们面前的令人毛骨悚然的纸芝居艺人大叔，这次带来的令人身心冻结的恐怖纸芝居，主题是“决”。描绘着与“决”相关的奇妙都市传说，以及遭遇了谁都没有见过的怪奇现象的人们的身姿的壮烈故事被编织了出来。
