在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
万仙宗小师叔李岚为渡成圣情劫，下山寻一个泼辣到让他痛不欲生的女子，却被卷入金钱阁与域外天魔的纷争。他与金元宝从互坑互怼到生死与共，联手挫败天魔皇降临沧澜界的阴谋。决战中金元宝为护他魂飞魄散，李岚痛彻心扉，情劫圆满、一步太乙金仙，斩天魔皇并踏上飞升天界寻秘宝救回金元宝的新征途。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
七年前，楚云飞遭家族聚变，流落中州药王谷。 七年间他凭着自己的努力，名震中州修炼界，随后他回过故土报仇，立誓要查清当年真相。然而在此过程中，他屡遭暗算，经过艰难调查，他惊讶发现幕后黑手竟是如今执掌帝国的帝后……
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