在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
天武大陆第三强者，破军武帝古飞扬被世界规则所限，修为困在九天武帝境多年，难以突破。为了摆脱困境，借助神霄宫主曲红颜对自己的爱慕，布下惊天大局，以域外魔气为祭，转世重修。转世之后名为李云霄，是天水国一名15岁少年，也是元帅府李家的嫡长孙。此时天水国外有强敌入侵，内有王子夺嫡，而掌握兵权的李家也成为危机旋涡的中心。面对众人的争权夺利，李云霄站在更高的维度，从容破局。因为他深知，在这个武道至上的世界，一切伟力归于自身，他的目标自始至终只有一个，完成前世布局筑造神境根基。
一心想做个风流潇洒白衣剑客的穿越者孟奇，却在‘轮回空间’的一次次无限流极限任务中画风突变，成了闻名天下的‘雷刀狂僧’，然而这一切原来都在洪荒上古大能的诡谲算计之中。且看无敌逗比小和尚快意江湖，笑傲三界。
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
这是一个由人们的信赖造就英雄的世界，而获得最多信赖的英雄被誉为一一 X 。在这个世界里，人们的信赖是可以被数据统计出来的，并且这些数值会反映在每个人的手腕上。只要获得足够多的信赖值，普通人也能拥有超能力，成为拯救世界的超级英雄。然而，持续变化的信赖值让英雄之路充满未知．...
这一日，林枫正在林府凝聚武魂，不想，他才刚将剑武魂修炼成雏形，未婚妻姬漫夭就趁机夺走了他的武魂，还导致其差点吐血身亡。与此同时，林枫的精神进入到了葬神之地，葬神之地神秘女子告诉林枫，他可以通过磨灭葬身于此的古神，获得庞大的武道力量跟知识。 现实世界，原本是林家大少爷的林枫因为失去了剑武魂，从而不再受到家仆们的尊重，他们处处针对林枫，就连林枫的妹妹林香儿生病，他们都不愿意出手帮助分毫，直到林枫使用从葬神之地获得到的力量打败了黄阶武魂的强者——林宇宏，林家的人才对林枫的态度有所改观。 另外一边，林枫因为没能很好得控制最新得到的力量，杀死了正在跟自己决斗的秦骁。秦骁乃是秦家大长老的孙子，并且一直受到长老们的宠爱，如今秦骁被害，秦家长老自是不甘，他们一怒之下，跑到了林家府邸，要求林家将林枫双手奉上。
经过一番激烈的搏斗，葫芦七兄弟团结一心，终于把蛇精和蝎子精打败，七兄弟化作七色奇峰，将妖精镇压山下。葫芦兄弟和妖精的战争惊动了住在山中另一边的青蛇精。青蛇精是蛇精夫人的妹妹，她比姐姐更加狡猾。得知葫芦山争斗的始末，青蛇精决定将葫芦娃们抓来炼成长生不老的七心丹，替姐姐报仇。 葫芦七兄弟虽然勇猛非常，却不敌妖怪的狡猾。青蛇精采取各个击破的战术，利用锦囊中的宝物将七兄弟一一降伏。一番斗智斗勇过后，葫芦兄弟全部成为青蛇精的俘虏。原本想炼成七心丹的青蛇精，却没留神炼出综合了七兄弟本领的葫芦小金刚。葫芦小金刚和妖精的战争更加激烈…… 本片荣获1991年广播电影电视部优秀影片奖第二届全国影视动画展播荣誉奖。
