该剧改编自步月浅妆的小说《权宠之仵作医妃》，讲述大理寺卿沈毅因卷入晋王案，全家惨遭灭门，其女沈莞借用秦府九娘子秦莞的身份逃到荆州。原本柔弱可欺的秦莞“性情大变”，不仅会治病救人，还能剖尸探案，顺带将秦府的伯母庶妹姨娘刁奴治得服服帖帖。探案期间秦结识了睿王世子燕迟，燕迟一心为晋王翻案，与秦莞为父昭雪的目标不谋而合，二人一起回京，途中联手破获了各式诡谲大案。回京后，一具意外发现的骸骨让晋王案得以重提，燕迟和秦莞一起慢慢接近了案件的真相，发现了皇宫里深藏的惊天秘密。
不同于长剧和一般的短剧，《乘龙怪婿2》每集为一个独立的故事，无论观众从哪集开始看都不会觉得突兀。每集的名字也极为搞笑，如“超级壮男，想壮就壮，壮得漂亮”、“头文字龟”。
小贤（陈赫 饰）和一菲（娄艺潇 饰）的事业都开始走上正轨，但互相之间的感情依然磕磕绊绊。而子乔（孙艺洲 饰）和美嘉（李金铭 饰）之间虽然做回了男女朋友，但吕子乔的花心本性并不改，貌似还是喜欢去泡妞，着实让美嘉头疼。关谷（王传君 饰）的事业蒸蒸日上，但是和悠悠（邓家佳 饰）之间也还是偶有嫌隙。展博（金世佳 饰）对于宛瑜依旧难以忘怀，但也重新开始寻找新的伴侣。张伟（李佳航 饰）的事业终于迎来春天，即将结婚，并且回到了爱情公寓。大家在爱情公寓里一起经过了那么多年，那么多事，每一个人都开始渐渐明白自己的生活方向和彼此在自己心中的位置。不仅仅有相互之间的调侃、戏谑、捉弄，也更多了份相互鼓励、帮助、扶持。有美好，有欢笑；有失落，有惆怅；有努力，有奋斗，爱情公寓一如既往的见证了大家的青春与成长，无论是一菲、小贤、关谷、悠悠、子乔、美嘉、益达还是展博，大家的故事还在继续……
