故事讲述了被分到问题学生云集的D班的绫小路清隆和他的同学们在学校里挣扎求生的故事。在TV动画第四季《欢迎来到实力至上主义教室 第四季：二年级第一学期》中，春假过后，绫小路和轻井泽成为了情侣，而堀北也不再崇拜她才华横溢的哥哥岳。随着他们关系的逐渐变化，他们也升入了二年级。绫小路和其他二年级新生即将迎来他们的第一场特殊考试——笔试，他们将与一年级新生搭档。然而，一年级新生中竟潜伏着月城从白屋派来的刺客。这种跨越年级界限的全新关系，究竟会带来风暴还是平静？校园生活的第二年就此拉开帷幕。
外表看上去非常的不正经，但意外的有着高超智商的野野原柚子（大久保瑠美 配音）、对金钱相关的信息非常的敏感，对待朋友大大咧咧不拘小节的栎井唯（津田美波 配音）、整天迷迷糊糊却常常能够说出让人意外的话语的千金大小姐日向缘（种田梨沙 配音），这三个性格大相径庭的女生聚在一起组成了“情报处理部”。 情报处理部每日的活动是将生活中发生的大大小小的事通过网络搜索，来获取更深层次的情报，虽然这么说，但三个妹子每天也就是找一个地方可以肆无忌惮的插科打诨而已。相川千穗（茅野爱衣 配音）是学生会的会长，对情报处理部非常的在意。
“我与你一同飞向天空。” 甘粕桧曾根，是最近开始在航空自卫队岐阜基地任职的新人。 过于率直而总是无意识地伤害他人，对此感到疲惫不堪的她，选择成为任期限定的自卫官。 但，命运的邂逅彻底改变了她的人生。 被秘藏在基地中、伪装成战斗机的龙选中了桧曾根，并和她一起飞向天空。 就这样，搭乘“OTF（变态飞翔生命体）”的飞行要员， 成为了桧曾根的工作。 甚至能左右国家命运的龙， 究竟隐藏着怎样的秘密呢……。
由于King Records的疏忽，电视动画和第3季同时开展的梦想土崩瓦解…… 到底两人能在动画播放之前幸存下来吗……
动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……
