小男孩尼克（胡里奥·博希加斯 Julio Bohigas-Couto 饰）在一个风雨交加的夜晚目睹了邻居安吉尔（哈维尔·古铁雷斯 Javier Gutiérrez 饰）杀害自己妻子的场面。在和安吉尔的追逐之中，一辆车将尼克撞倒，导致了他的死亡。一晃眼多年过去，薇拉（阿德丽安娜·尤加特 Adriana Ugarte 饰）和丈夫大卫（阿尔瓦罗·莫奇 álvaro Morte 饰）带着他们的女儿住进了尼克曾经居住过的房子。 　　有一个电闪雷鸣的夜晚，薇拉意外的在电视里看到了尼克，让薇拉感到震惊的是，自己似乎能够通过电视和25年前的尼克对话。在薇拉的告诫之下，尼克免于一死，但过去的改变也牵连着薇拉的生活发生了巨变。大卫不再是薇拉的丈夫，而他们的女儿自然也不复存在。

曾在纽约建筑界享有极高声誉的富豪马丁·戴米恩（本·金斯利 Ben Kingsley 饰），而今饱受癌症折磨，不得不面对即将在半年后去世的事实。除此之外，他与女儿克莱尔的关系始终处于冰封状态，这令他不仅慨叹金钱的无力。不久前，马丁与菲尼克斯生物科技公司取得联系，对方声称使用最先进的脱换技术可以帮助马丁重获新生，简而言之就是将他的意识或者灵魂注入一具更加年轻健康的躯体内再生。经过慎重的考虑，马丁以爱德华·基德纳（瑞恩·雷诺兹 Ryan Reynolds 饰）的身份复活。此后的一段时间里，爱德华尽情享受重返青春的乐趣。 　　与此同时，这具陌生躯体背后所隐藏的秘密，则让他渐渐感到不安……

公元2021年，资料除了透过电脑输送外，还可利用人脑运输。专业运输员尊尼为了运送更多资料，不惜洗去自己的记忆。一次任务中，尊尼被客户输入过量资料，若他不在二十小时内找到输出密码，他便会倒毙。另一方面，日本集团为了夺取他脑内的资料，也对他展开一场大追杀。

约翰的父亲弗兰克(丹尼斯?奎德 Dennis Quaid 饰)死于30年前一次救火行动中。一次，翻看父亲的遗物时，约翰(詹姆斯?卡维泽 James Caviezel 饰)发现了30年前父亲使用过的一台老式无线电。在随手翻拨频段的时候，他竟然和一名年轻叫弗兰克的男子搭上了线。经过整夜长谈，约翰确定时空发生了错乱，这个弗兰克正是自己30年前的父亲。 　　约翰兴奋异常，顺利帮助父亲躲过了30年前的那场灾难。当他一觉醒来，惊讶地发现了相框中白发苍苍的父亲，他知道自己成功了。然而让人意想不到的是，历史一切都改写。约翰的拯救了父亲，而他的母亲却死于了多年前的一起连环杀人案。当约翰通过无线电再次联系30年前的父亲，意图让父亲阻止母亲被杀时，父亲却又意外成了嫌疑犯！

A mysterious black sphere is discovered in the orbit of Mars. The Achilles is sent to investigate. After the bedraggled six-person crew wake from eight months hibernation, the Sphere is transmitting a single word in every Earth language ever known - Deus.

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

尼克（Eric Lively 饰）与好友们一起在郊外为女友茱莉（Erica Durance 饰）庆祝生日，但是在返回的路上发生了车祸，茱莉不幸重伤身亡，尼克悲痛万分。 　　很快一年过去了，有一天尼克发现自己可以通过看老照片的方法重返过去。就这样，他利用自己的超能力改写了历史，让茱莉躲过了灾难。 　　虽然女友的复活令尼克兴奋异常，但生活的烦恼依旧接踵而至。因为有了之前的经验，尼克不断改变历史，以期生活可以按照自己的思维发展。但结果往往事与愿违，总会出现更大的问题。 　　尼克会接受命运的安排吗？