神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
阿衰是一个弱势“坏学生”，他幽默滑稽、调皮捣蛋、擅长幻想、不讲卫生、最爱吃臭豆腐、上网，总是又倒霉又糗！上课睡觉，抄别人作业，喜欢放屁……阿衰这些坏习惯弄出了不少笑话。为了帮助阿衰改变，老师让阿衰当上了扫地组长。阿衰从此积极上进，半夜就到学校把校园扫的干干净净。最终，期末班干部表彰大会上，阿衰被评上了优秀班干部。爱哭的阿衰还有小冲、庄库、长条这几位“好朋友”，伴随着阿衰度过丰硕的校园生活。
闫月出回到故乡工作，在入职的公司里认识了新的朋友，在一次进入XY密室馆游玩密室游戏后，他发现自己被密室馆的老板许爱幽所吸引。然而，这却是他陷入一个又一个诡异密室幻境的开始。与此同时，随着闫月出与许爱幽的接触，越来越多的事件接连发生在闫月出的身边，这些事件甚至将他的朋友也卷入其中。闫月出在破解密室与寻找事件黑手的过程中逐渐触碰到了当年那段被隐藏的事件真相……
