神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
大一新生袁君瑭为了接近一直暗恋的学姐朱茱报考了闵松大学，在学校里意外认识了休学的前偶像兼学姐李诗娅后，在李诗娅的主动接近下两人成为朋友，并和朱茱一起组成了好友三人组。朱茱明明察觉了袁君瑭对自己的爱慕之情，但是却始终没有勇气答应，并避免一切和他暖昧的接触，保持着朋友的距离。
穿越到修仙世界却发现自己不符合男主角设定的东方纤云，误把重生一次前来复仇的二师弟印飞星当做“主角”。本打算抱紧主角大腿活下去，却被“大腿”一脚踹下悬崖，由此踏上魔修反派道路。天真单纯的大乘期魔修易相逢，玄铭宗大弟子花花公子东方芜穹、同为穿越者的天道使者卜算天等角色悉数登场。【伏魔大会】风云汇聚，正道魔修之战一触即发，前逍遥门大弟子、现百媚教魔修大师兄，东方纤云被卷入生死攸关的危机之中……
