在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
灵气复苏的时代，寂静生活碎掉了，仿佛雷霆贯穿长空，电光直射天心，雨沙沙地落下。凡逆我们的终将死去，这就是法则。 高中生吕树在一场车祸中改变人生，当灵气复苏时代来袭，他要做这时代的领跑者。 物竞天择，胜者为王。 这是一个吕树依靠毒鸡汤成为大魔王的故事。
遥远的上古时代，人类文明之外有四块神秘的大陆。在这里，人和爆兽龙蛋和平相处，直到有一天，冰雪部落企图利用龙蛋的力量支配世界，引来另外三个部落齐心对抗，结局四块大陆受到重创，陷入了沉睡当中。转瞬千年已逝。张天昊是龙卷部落的后人，机缘巧合之下，他邂逅了上古时期遗留下的爆兽龙蛋，并结识了其它部落的后裔。他们志同道合，结伴阻止冰雪部落的传承者——穆非的阴谋 。华丽又刺激的冒险之旅，就此展开。
为了变强在之后的族比中击败林琅天，林动、小貂和小炎一同踏上修行之路，一路上惊险不断。在小貂的指引下，林动最终来到大荒古碑，成功获得了吞噬祖符的线索，并且在林琅天和众多强者的角逐下成功获得造化武学，大荒囚天指！
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。 在新的一季中，超级飞侠们将摇身一变成为勇敢的愿望守护者，他们不仅拥有酷炫的新装备，同时每个超级飞侠都拥有不同属性的能量球。 在遇到困难需要帮助时，呼叫愿望守护者，启动愿望守护者程序，超级飞侠会带着不同的能量球，启动能量球，加入愿望守护，共同解决面临的阻碍与困难。 愿望能量球可以给超级飞侠和孩子们相同的强大力量去武装来完成伟大的事情，每个愿望能量球蕴含来自于我们身边的自然世界中不同的超强能量，它们是旋风、水波、大地、钢铁、动物、闪电、火焰等能量。 愿望守护者的任务是为小朋友们排忧解难帮助小朋友们实现他们的美好愿望。
