在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。
后文明时代，地球异象频发，名山大川中出现异果，生灵凭借异果发生异变。大学生楚风，在失恋旅行中误入青铜昆仑山中，在地球复苏之际意外觉醒至尊人王血统，开启制霸修行之路！
2048年，超级反派凌辰（化名潘洛斯）在和死对头超级英雄叶子暮的激战中意外穿越回2030年的高二。在回家见到姨母确定了自己穿越的事实后，凌辰决定，这次一定要守护好上一世因叶子暮害死的姨母，除掉叶子暮。”重生“的时间线充满变数，这次，凌辰相信自己可以改变一切！
人类在“生命之河”南方富饶的土地上繁衍生息了万年后，终于形成了统一的王国。又经历四个王朝的更替，处在蒸汽文明顶端的人类王国已经异常强大：由于“高燃度煤晶石”的发明，生物脑、机械人、蒸汽枪械，蒸汽车辆甚至带蒸汽辅助动力的重装甲相继出现。有限的领土已经无法满足人类的欲望，资源的枯竭成为进一步发展的掣肘，北方广阔的土地自然成为扩张的方向。 然而，北方的动物不知何时吃下了“智慧果实”，诞生智慧，自称“灵”。冒险深入北地的人类探险队在报告中曾经提到：“万里地，十亿灵”。在“灵”的眼中，连“智慧果实”为何物都不知道的人类根本算不上拥有“真正”的智慧，最多只能是“伪灵”。北方“灵”族很快以强大的实力压制了人类的扩张，战争逐渐进入僵持状态，持续不断的冲突几乎贯穿了双方的历史。 GD0113年，残酷的“红河之战”正在将大陆拖入另一个千年战争。突然降临的神秘势力插入战场...
三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
