随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
星野宫子（上田丽奈 配音）表面看来只是一个非常平凡的女大学生，实际上却拥有社交障碍，无法和人正常的交往，因此常常宅在家中，孤独的制作着华丽的Cosplay服装。星野日向（长江里加 配音）是宫子的妹妹，和姐姐阴郁的性格不同，日向非常的开朗健谈，而且深深的爱戴着姐姐。 一天，日向将自己在学校的好朋友白咲花（指出球亚 配音）带到家中做客，宫子在见到小花的一瞬间，竟然深深的被她给迷住了。但是宫子的个性令她无法坦率的和小花交朋友，为了成为能够配得上小花的人，宫子开始了努力。随着时间的推移，宫子和小花之间的距离渐渐拉近。
故事发生在一个虚构的奇幻世界之中，在这里，人类不再被局限于陆地之上，而是可以自由的翱翔在天空中。地域的不受限促使一种名为“飞翔马戏团”的运动诞生了。少年日向晶也（逢坂良太 配音）曾经是这一领域内的种子选手，被寄予厚望，然而，在一次惨败之后，晶也彻底放弃了梦想和希望，之后一直都过着浑浑噩噩的生活。 一次偶然中，晶也和一位名为仓科明日香（福圆美里 配音）的转校生相遇了，在明日香的引导和鼓励之下，晶也对于飞翔马戏团运动的热情被重新点燃。然而，他离开赛场已经太久了，再度回到舞台的中心，他能否恢复曾经的强劲实力呢？
