随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。 7年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化，并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。 被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是，赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。 契约之时，希望被托付给了他们——
小林（田村睦心 配音）是一位非常平凡的程序员，在一次偶然之中救了一条名叫托尔（桑原由气 配音）的龙，为了报答小林的救命之恩，托尔化身成为了女仆的样子来到了小林家中，就这样，小林和龙女仆的同居生活就此拉开序幕。 古灵精怪我行我素的康娜卡姆依（长绳麻理亚 配音）、对人类有着非常深的成见，但似乎不太聪明的样子的艾露玛（高田忧希 配音）、心思细腻温柔又稳重的大姐姐露科亚（高桥未奈美 配音）、痛恨着人类，但又无法自持的被人类所发明出来的游戏所吸引的法夫纳（小野大辅 配音），自托尔之后，小林的身边接二连三的出现了这些性格迥异的龙族们。
