随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
警方為應付未確認生命體而開發了G3系統，這套G3系統是根據未確認生命體4號即幪面超人古迦的力量而設計出來，裝著員是一位叫冰川誠的警員，為人真誠但略為粗獷。警方另一部門在荒島上發現了古代文明，並進行解碼。當未確認生命體再次出現，連G3也不是其對手時，神秘的金色幪面超人亞極陀登場，這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身，起初因未能控制而襲擊G3。 翔一暫住在美杉義彥的家，認識了擁有超能力的風谷真魚，真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶，並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中，發現一本記事薄，當中提及之姓名卻無人知曉，查探父親死因後，竟發現自己是另一個幪面超人－磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀，所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險，幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一，涼以及誠所打敗。 後來，涼誤會女朋友是被亞極陀...
榛名优（小林裕介 配音）是刚刚搬到东京来生活的平凡少年，沉默寡言的他个性十分内向，唯有依靠手机来派遣心中的所思所想，所以在外人眼中，榛名优就是一个整天抱着手机的“低头族”。一次偶然之中，榛名优邂逅了名为秋月风夏（Lynn 配音）的少女，和自己不同，风夏竟然连手机都没有，这让榛名优感到十分不可思议。 风夏是乐队“The fallen moon”的主唱，在她的邀请之下，榛名优加入了乐队成为了贝斯手，一段懵懂的感情在两人之间慢慢酝酿。与此同时，榛名优在网络上和自己曾经青梅竹马的玩伴冰无小雪（早见沙织 配音）重逢了，如今的小雪已经成为了在日本名声大噪的偶像歌手。
