神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
末日荒土，世宗三年，天下大乱，民不聊生。魔门妖党隐于暗处作乱，帮派相互征伐，混乱不堪。大乱之中，各门各派纷纷出世，争夺资源地盘，建立独属于自己的统治。有野心者试图席卷天下，建立王朝，也有大义者，意图挽救苍生。魏合持有能突破境界的破境珠，穿越乱世，一步步开创属于自己的传说。
