神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
身怀两大道体，却因无灵根启发灵体的东方少鸿，被同族耻笑，甚至被未婚妻背叛。困难接踵而至，东方少鸿之父因掌握进入苍玉仙府的秘密而身陷囹圄，被仙盟所困。在宗族危难之际，东方少鸿意外用自己的血激发了体内的仙源道石，击退仙盟，挽救宗族于危机之间。举步维艰之际，东方少鸿幸得其父的好友季胤真人相救，拜入缥缈宗得以庇护。缥缈宗上，太阴山涧，东方少鸿拼力修炼的同时，却因身怀冥族暗夜道体被视为人族异类，不断遭受同门挑衅。东方少鸿意识到，只有自己足够强大，才能救得父亲脱困，为自己正名，戳穿仙盟的阴谋。
从小被父母灌输宅文化，却竭力不想跟“宅”扯上关系的女生佟琪，一直视自己的同桌——纯洁的三次元阳光男生杨唯为偶像。没想到有一天，竟从这位“偶像”口中听到了“腐圈”的词……腐女妈妈与天然少年，宅系父母与吐槽疫女儿，二次元一代与三次元二代的爆笑生活即将展开！
世代相传的诅咒，他注定孤独一生，可却偏偏遇上了苏流安那个妖孽。他一人之下，呼风唤雨，却在追妻路上掉了节操。
灵气复苏的都市，妖魔入侵威胁来袭，天生废灵根的少年秦雨体内意外觉醒神力，被选中成为神秘至强功法万物生的传承人。秦雨加入东大高武学院后逐渐结识侠肝义胆的一群伙伴，一起修炼成长，共同守护校园和人族星球。
游戏设计师昊宇穿越进自设游戏，凭造物主般实力折服林晓，联手主播富坤组成 “夜龙” 铁三角。为救重病母亲争夺呼吸机，闯险境横扫校际赛场，强忍穿越后遗症对抗暮鸦会，力克内鬼强敌，拿下世界赛资格踏上全新战场。
