神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
比赛夺冠后，秦泽被业内著名经纪人林乾嘉看上，想与秦泽签约，被秦泽断然拒绝。林乾嘉拿出了秦泽当初参赛时签署的合约，秦泽这才发现自己落入了合约陷阱，如果不签约就会面临巨额索赔。现实的窘境，让秦泽开始怀疑自己真的能实现追求音乐的梦想吗？ 在帮助弟弟重回舞台之后，秦雅也加入了电影剧组，这是她彻底转型后的第一个大制作，决定着她之后的演员之路是否顺畅。但国际影后露露的加入，也给秦雅带来了不小的麻烦……
三千年前进入末法时代，天庭诸神迁徙异世，诸神只留残魂法身留世，唯有上古三皇大圣才能唤醒诸神，在此背景下的现代社会，李长（太白金星）收养了女娲转世的普通少女风小小并在其20岁时唤醒其原神，希望风小小可以唤醒诸神，帮助众神的法身重修，再振天庭。受经济压力所迫，风小小不得不答应。在遇见了首富之子杨砚并用符箓唤醒其二郎神的原神之后，两人抱着寻找同事、无法阻止以及有热闹不凑白不凑的心态，在以杨砚与李长为风小小所开设的陶艺吧为中心地点，在需要隐藏的神话身份不断与现实生活的碰撞的前提下，不光有因诸神法身陆续出现而惹出一系列的麻烦事，也有因与现实生活交集而导致的一系列冲突事件，开启了一行人等不一样的奇幻之旅。
飞贼风铃儿与商贾之女白钰袖一同结伴闯荡江湖，殊不知在她们的背后正孕育着一场巨大的阴谋。
