神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
莫凡强势归来战火院，灼原火劫历沧桑。
不擅长与人交流、性格腼腆的马库斯在一场乌龙中意外成为了“神秘学事件对策部”的负责人。面对星锑、兔毛手袋等一众行事乖张、性格跳脱的怪咖同事，原本连大声说话都会紧张的马库斯，能否在危机中挺身而出，成为凝聚这支奇妙团队的主心骨呢？——看似古怪的他们……实际上真的“不靠谱”吗？
叶星云师傅羽化仙去，留下了一个势力庞大的天元神宗，叶星云成为了天元神宗新一任宗主，同时以狸猫换太子的手法，变成了一个小世家的子弟，隐匿其中，静待复仇的机会。叶星云踏上了一条无比凶险的路，但是凭借着自身的谋略，和天元神宗一众高手们的辅佐，纵横捭阖，运筹帷幄，对抗庞大的大周王朝。
冰淇淋权杖离奇失窃，为了夺回权杖拯救冰原大陆，雪王一路追击权杖大盗来到猎猎谷，机缘巧合救下了以赚钱振兴饭店为梦想的赏金猎人兔老板，两人带着各自的目标开启了冒险旅程……
