神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
沉寂三载，学院天才重回巅峰。 这一次，把三年失去的一切都拿回来！
平凡的打工人裴谦意外绑定财富转换系统，给了他花钱经商，重来人生的好机会。然而系统规定盈利一百才挣一块，亏钱却能全落自己腰包。为了亏钱，裴谦选择了风险高，烧钱快的游戏行业，故意制作了一款款违背市场规律的“另类”游戏，却一次次意外走红，挣得盆满钵满，痛苦地成为了众人眼中崇拜的“商业奇才”，可只有裴谦心理清楚，我真的只想亏钱啊．..
秦牧天生凡体，历经考验成为天魔教教主，被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神，掀起浩荡风云，后随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮，后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助，开启道法神通改革的大世。
渡劫期魔尊白泽渡劫失败，竟重生为青云宗一只毫无灵力的熊猫幼崽！绑定三界羁绊系统，需靠徒弟爱慕值才能恢复人身。他被迫卖萌躺平，被五位性格迥异的女徒弟宠到rua秃，却暗中凭魔尊实力与系统技能，打脸万象宗、赌石暴富、宗门大比横扫全场。身份曝光后，他率徒弟反出伪正道，建立神兽魔宗，集齐五行灵珠对抗上界仙帝。徒弟献祭护他，羁绊爆发轰碎仙帝投影，最终携宗门霸气飞升，却意外变蛋开启异界新篇！
灰太狼受神秘人袭击后被抓走，小羊们根据蛛丝马迹将他寻回，却发现灰太狼眼神变得空洞呆滞，疑似大脑受到损伤。为解救同伴，喜羊羊带着伙伴们借助灰太狼发明的“脑波机”进入到灰太狼的大脑世界，他们在脑海里一个个光怪陆离的区域中历险，同时也认识到很多新的朋友，帮助他们探求真相找寻让灰太狼恢复正常的方法。大家历尽艰险眼看真相快要浮出水面了，不料灰太狼突然陷入昏迷，更大的危机正步步逼近……
