小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
故事发生在一个虚构的奇幻世界之中，在这里，人类不再被局限于陆地之上，而是可以自由的翱翔在天空中。地域的不受限促使一种名为“飞翔马戏团”的运动诞生了。少年日向晶也（逢坂良太 配音）曾经是这一领域内的种子选手，被寄予厚望，然而，在一次惨败之后，晶也彻底放弃了梦想和希望，之后一直都过着浑浑噩噩的生活。 一次偶然中，晶也和一位名为仓科明日香（福圆美里 配音）的转校生相遇了，在明日香的引导和鼓励之下，晶也对于飞翔马戏团运动的热情被重新点燃。然而，他离开赛场已经太久了，再度回到舞台的中心，他能否恢复曾经的强劲实力呢？
看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。 这就是我们奇迹调查官的义务—— 天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯特。 两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”—— 那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。 在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。 在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件—— 天才神父组合的事件簿，开幕！
